Godnymi uwagi są również cieki wodne, jeziora i rzeka Mień, a nade wszystko królowa naszych rzek – Wisła. Pięknie meandrująca rzeka Mień, która wbija się klinami w piaszczyste, o urozmaiconej powierzchni tereny leśne stanowi nie lada atrakcję dla pieszej wędrówki wzdłuż brzegów rzeki. Dodatkową atrakcją na pewno będą napotykane żeremia bobrowe i rozlewiska spowodowane przez ten pracowite zwierzęta. Pas Wisły obfituje w dodatkowe atrakcje. Na terenie naszej gminy znajduje się Zielona Kępa, wyspa o ciekawej endemitowej szacie roślinnej odcięta od lądu starorzeczem rzeki zwanym Martwą Wisłą. Te tereny nie tylko obfitują w bardzo ciekawe krajobrazowo widoki ale także są wspaniałą atrakcją dla poszukiwaczy skamielin. Poza tym niewątpliwie są jednym z najciekawszych stanowisk wędkarskich, gdzie na spinning można złapać okonia, szczupaka czy inną dużą rybę.
Zielona Kępa
Dwoma głównymi ciekami, które wyznaczają południowe granice gminy są rzeki Mień i Wisła. Na terenie gminy znajduje się obszar chroniony „Zielona Kępa”, który jest położony na obszarze największej rzeki na Wiśle. Znajdują się tam między innymi legowiska bobrów, wilków oraz gniazda orłów bielików. Od północy wyspa oblana jest tzw. Martwą Wisłą, która niegdyś była głównym korytem rzeki, a obecnie jest starorzeczem. Kolejną rzeką jest Mień, lokalny ciek wyznaczający granicę między gminami Czernikowo i Bobrowniki. Rzeka ta silnie wije tworząc malownicze zakola. Wokół niej można natrafić na wzmożoną aktywność bobrów tworzących tam swoje żeremia.
Najlepsze miejsca do wypoczynku znajduja się nad malowniczymi jeziorami. Można je odnależć w miejscowościach: Zacisze, Steklin, Wygoda, Steklinek, Kijaszkowo, Liciszewy.
Jezioro Zacisze
Atrakcją turystyczną w południowej części gminy jest śródleśne jezioro Zacisze, które w okresie letnim stanowi główne miejsce wypoczynku na terenie gminy. Jest to niewielkie bezodpływowe jeziorko otoczone lasami, możliwość kąpieli (kąpielisko niestrzeżone z pomostem), plażowania, obejścia wokół. Możliwość odbicia do wsi Wieprzeniec i Wylew. Posiada płaskie brzegi. W pobliżu jeziora znajdują się liczne stare drzewa, wśród których znajdują się również takie, które wpisano na listę pomników przyrody.
Charakterystycznym elementem budowy terenu jest tutaj polodowcowe Jezioro Steklińskie, które zasilane jest przez rzekę Łubiankę. Ma ono charakterystyczną, rynnową strukturę, dzięki czemu jest ono długie (ok. 5 km) i głębokie (w najgłębszym miejscu 18,5 m). Na brzegach jeziora (głównie na zachodnim brzegu nieopodal Steklinka) stworzono wiele prywatnych domków idealnych do krótkiego wypoczynku. Wokół atrakcyjnego Jeziora Steklińskiego rozciąga się uroczy widok na pradolinę jeziora. Jezioro jest niezmiernie atrakcyjne widokowo a duży obszar pozwala na pływanie łodzią i kajakiem. Warunki do wędkowania są przeurocze. Przy samym jeziorze zetkniemy się z najpiękniejszym dworkiem w gminie Czernikowo – Steklinem. Na południe od jeziora Steklińskiego warte odwiedzenia jest Jezioro Wygodzkie o głębokości 4-5m. Innymi wartymi wspomnienia akwenami w północnej części gminy są jeziora w Kijaszkowie, Liciszewach, Piotrkowie i Mazowszu.
