Zespół Szkół w Czernikowie ma sztandar i patrona.
Dnia 17 października 2008 roku miała miejsce uroczystość nadania imion i wręczenia sztandaru Zespołowi Szkół w Czernikowie oraz szkołom wchodzących w jego skład. Placówka, zgodnie z wolą uczniów, rodziców, nauczycieli wyrażoną w referendum, otrzymała imię Mikołaja Kopernika. Na uroczystość przybyli m.in. zaproszeni goście- Starosta Toruński Mirosław Graczyk, Dyrektor Toruńskiej Delegatury Kuratorium Pani Zofia Kilanowska, Wójt Gminy Czernikowo Zdzisław Gawroński, proboszcz naszej parafii ks. Piotr Siołkowski, dyrektorzy placówek oświatowych z terenu gminy, delegacja z Gimnazjum nr 9 im. Mikołaja Kopernika w Toruniu, przedstawiciele Rady Rodziców oraz ofiarodawcy.