Historia szkolnictwa w Czernikowie zaczyna się wraz z czasami nowożytnymi.Istnieje pierwsza wzmianka o szkole przyparafialnej w XV w. i w kolejnych. Niestety z różnych powodów okazały się efemerydą.
W zaborze rosyjskim szkoła powstała w 1865 roku a już pod koniec wieku pobudowano budynek z cegły - siedzibę szkoły i kierownictwa.Pierwszym znanym i dobrze zapisanym w społeczności nauczycielem (o czym świadczy napis na pomniku) był Zygmunt Sołtykiewicz. Środowisko włączyło się w akcję Polskiej Macierzy Szkolnej w 1907 roku ,a w 1916 za kolejnego kierownictwa Stefana Kołaczyńskiego powstała Polska Katolicka Szkoła Ludowa
Jako jednoklasówka (przy stanie znacznie ponad 100 uczniów) rozpoczęła działalność w odrodzonej ojczyznie ,a już w początkach lat dwudziestych funkcjonowała jako dwuklasowa,czteroklasowa by sięgnąć pełnej szkoły sześcioklasowej w coraz prężniej rozwijającej się miejscowości. Od razu pojawiły się kłopoty lokalowe, trzeba było wynajmować w odległych miejscach dwie izby w siedzibie Zarządy Gminy i dwie przy rynku u prywatnych obywateli.Nauczyciele dokształcali się, należeli do społeczników zaangażowanych w życie społeczności lokalnej.Kierownik Stefan Kołaczyński prezesował Ochotniczej Straży Pożarnejw Czernikowie, był inicjatorem budowy remizy OSP w 1926, prowadził lokalną działalność charytatywną. Podjął z innymi inicjatywę budowy nowego budynku szkoły.Pan Jan Klimczewski prowadził teatr. Ciekawą postacią był Teodor Usenko,poliglota,gawędziarz,członek OSP.Pan Jan Suski organizował uroczystości państwowe, zawody sportowe, prowadził męską drużynę harcerską i Związek Strzelecki, był radnym. Pani Kazimiera Suska (z domu Lewandowska) prowadziła żeńską drużynę harcerską i brała udział w pracach Związku Obywatelskiego Kobiet. Poza życiem sportowym i harcerskim rozwijała się turystyka, odbywały się wycieczki do Zakopanego.
Wojna przerwała rozwój już siedmioklasowej szkoły i budowę szkoły. Nauczycieli (Panów Kołaczyńskiego,Suskiego i Klimaczewskiego) spotkał los najtragiczniejszy. 17 października 1939 aresztowani na rzekomej konferencji trafili do obozów koncentracyjnych i wszyscy nie wrócili. Potajemnie uczono zaprzyjaźnione rodziny. W budynku szkolnym funkcjonowała szkoła dla Niemców a przez rok szkoła niemiecka dla polskich dzieci.
W początku lutego 1945 roku staraniem pierwszego kierownika pana Stefana Ziemkiewicza i pana Kazimiery Suskiej rozpoczęła działalność szkoła polska, bez sprzętów i zaplecza, na trzy zmiany. Od razu w 1946 roku sprowadzono barak ze Śląska, a od 1948 roku rozpoczęto budowę nowej szkoły, najpierw w czynie społecznym. Duży wkład nieśli: Jan Łysakiewicz i ówczesny wójt Wincenty Dąbrowski, S.Ziemkiewicz. Szkołę oddano do użytku w 1951 roku, a w niecałe pół roku trzeba było zmienić konstrukcję dachową. Za kierownictwa Zygmunta Gałkowskiego w latach 60-tych zbudowano salę gimnastyczną i łącznik. Kolejno dyrektorami byli: Alfred Rapkiewicz, Zbigniew Padlewski, Jan Buczyński. Szkoła zmieniła oblicze, kolejne reformy i zaangażowanie nauczycieli przyczyniły się do znacznego poszerzenia oferty edukacyjnej. W szkole prowadzono zajęcia dodatkowe. Dużym zainteresowaniem cieszyło się koło modelarskie pani Filemony Łaskiej, koło taneczne pani Kazimiery, a potem Aldony Suskiej, zespoły sportowe LZS. Najwieksze osiągnięcia mieli pod wodzą Pani Marii Donarskiej na przełomie lat 60/70-tych łyżwiarze w Błękitnej Sztafecie plasująć się w czołówce województwa i krótko kraju. Potem były inne sukcesy sportowe w powiecie i czsem województwie (LA, przełaje,piłka: ręczna, siatkowa, nożna). Uczniowie zajmowali czołowe lokaty w olimpiadach przedmiotowych (polonistycznej, historycznej, języka rosyjskiego, matematycznej), konkursach plastycznych ,rezytatorskich i regionalnych. Bardzo aktywne działały organizacje szkolne-szczególnie harcerstwo, drużyny wielokrotnie zdobywały miano drużyny sztandarowej, istniał nawet hufiec Czernikowo.
W 1989 roku społeczność szkolna zdobyła imię-Krzysztofa Kamila Baczyńskiego. Dwa lata później odsłonięto pomnik ku czci pomordowanych nauczycieli. Były święta 10-lecia nadania imienia i wręczenia sztandaru, 50-lecia budunku, w tradycji szkoły jest Święto Patrona, odbywa się wiele imprez szkolnych i uczniowie uczestniczą w środowiskowych, są organizowane różne konkursy szkolne i gminne (plastyczne, recytatorskie, muzyczne, historyczne, regionalne, sportowe) i uczniowie aktywnie (często udanie) uczestniczą w konkursach powiatowych i wojewódzkich, ogólnopolskich. Odbywają się akcje środowiskowe, charytatywne (np.WOŚP), otwarto Ścieżkę Rowerową ,zorganizowano warsztaty Ściężką po Gminie, powstały prace o historii szkoły, gminy, o zabytkach, płytka komputerowa. Szkoła włączyła się do reformy, działa WDN, nauczyciele podejmują kolejne wyzwania reformy, systematycznie dokształcają się i doskonalą, pogłębiają swoje kwalifikacje, organizują akcje, projekty i programy np.Przeciw Agresji, Dzień Ziemi, Dni Europejskie.Podejmują różnorodne inicjatywy by sprostać wyzwaniom współczesności i przygotować uczniów do życia we współczesnym świecie.
Poznajemy historię
W SP Czernikowo poza działaniami na lekcjach i na kółku historycznym-regionalnym historię mozna poznac poprzez uczestnictwo w konkursach.
Tradycyjnie w październiku organizowany jest od kilku lat konkurs "LUDZIE Z OBELISKU" poświęcony S.Kołaczyńskiemu, J. Suskiemu i J. Klimczewskiemu, nauczycielom, którzy zgineli w obozach hitlerowskich a przed szkołą podstawową jest pomnik im poświęcony,
Od 50-colecia szkoły co roku odbywa się takze konkurs; HISTORIA SZKOLNICTWA W CZERNIKOWIE poświęcony początkom szkolnictwa, czasom zaborów i oświaty międzywojennej i powojennej.